Per patrimonio storico e artistico la basilica è il maggior monumento cittadino, tenuta in tanta considerazione da essere definita un tempo “Cappella della città”. Costruita nel 1137, conserva all'interno l'impianto romanico a tre navate divise da pilastri, ma è stato profondamente rimaneggiato nel XVII secolo, con marmi, stucchi, ornati e pitture. Lungo le pareti e ai pilastri sono appesi preziosi arazzi. A sinistra dell'ingresso si trova il sepolcro del cardinale Guglielmo Longhi, di Ugo da Campione. Proseguendo in senso orario, alla parete di fondo, si scorge il monumento a Gaetano Donizetti di Vincenzo Vela (1855) e, sopra l'arazzo della Crocifissione, il grandioso Passaggio del mar Rosso di Luca Giordano (1681). All'inizio della navata sinistra, si può ammirare il confessionale ligneo di Andrea Fantoni (1704). La Cappella Colleoni (così oggi viene chiamata la tomba del celebre condottiero Bartolomeo Colleoni , costruita tra il 1471 e il 1475) è un gioiello del Rinascimento Lombardo. La fastosità delle sculture dell’Amadeo e degli affreschi affidati a Giovan Battista Tiepolo, non deve far dimenticare la bellissima tomba della figlia Medea, a sinistra, che accompagna nel sonno della morte il celebre padre.

Il Museo Donizettiano, inaugurato nel 1906, riunisce in un'unica collezione i cimeli posseduti dalla baronessa Giovanna Ginevra Rota Basoni Scotti e le testimonianze di proprietà del Comune di Bergamo inerenti la vita e l’attività artistica di Gaetano Donizetti (1797-1848).

Papa Giovanni XXIII, santificato il 27 Aprile 2014, proveniva da Sotto il Monte, un paese a circa 18 km da Bergamo. I luoghi cari del Papa sono a breve distanza l'uno dall'altro: la casa natale, la Chiesa di santa Maria in Brusicco dove è stato battezzato, la residenza estiva Cà Maitino ora diventata un museo, la chiesa parrocchiale, il Giardino di Pace e la cripta parrocchiale.

Il museo ospita una raccolta eccezionale di animali da tutto il mondo, tra cui un esemplare di balena blu unico al mondo e un enorme elefante africano. Sono presenti anche uccelli e pesci da tutto il pianeta. È l'occasione per avvicinarsi ad animali anche insoliti, dato che sono imbalsamati, inoltre si possono ammirare documentari sul pianeta, sulla vita marina e sui problemi ambientali. Il museo si trova nel parco cittadino di Slottsskogen.