Το εντυπωσιακότερο έκθεμα του μουσείου είναι το αέτωμα της Γοργούς που ήρθε στο φως από τις ανασκαφές στον δωρικό ναό της Αρτέμιδος, στις νότιες παρυφές της πόλης. Εκτίθενται επίσης νεολιθικά όπλα και σκεύη.

Τα Χανιά ή «Βενετία της Ανατολής» είναι η δεύτερη μεγαλύτερη πόλη της Κρήτης, χτισμένη στη θέση της αρχαίας Κυδωνίας. Το ιδιαίτερο χρώμα της παλιάς πόλης με την κληρονομιά όλων των πολιτισμών που πέρασαν από εδώ, το εμβληματικό ενετικό λιμάνι και τα μοναδικά αρχιτεκτονικά μνημεία, έχουν καθιερώσει τα Χανιά ως έναν από τους δημοφιλέστερους τουριστικούς προορισμούς στην Κρήτη. Τα Χανιά είναι χτισμένα στη θέση της Κυδωνίας, μιας αρχαίας πόλης που σύμφωνα με τον μύθο ιδρύθηκε στα προϊστορικά χρόνια από τον Κύδωνα, γιο του Ερμή κατά τη μία εκδοχή ή του Απόλλωνα κατά την άλλη. Στην Κυδωνία αναφέρεται και ο Όμηρος που την χαρακτηρίζει ως μια «σπουδαία» πόλη της Κρήτης. Τα Χανιά έχουν καταφέρει να διατηρήσουν το ιστορικό τους πρόσωπο και το αυθεντικό τους χρώμα και να το ισορροπήσουν με την έντονη ανάπτυξη των τελευταίων χρόνων. Είναι μια από τις ομορφότερες πόλεις της Ελλάδας που δικαίως χαρακτηρίστηκε ως «Βενετία της Ανατολής», η οποία κρατά ζωντανό το αποτύπωμα των διαφόρων πολιτισμών που πέρασαν εδώ στην πάροδο των αιώνων. Τις τελευταίες δεκαετίες τα Χανιά αναδείχτηκαν ως μια από τις πιο αναπτυσσόμενες τουριστικά πόλεις της Κρήτης. Ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού, το ενετικό λιμάνι και τα στενά της παλιάς πόλης κατακλύζονται από επισκέπτες από όλο τον κόσμο.

Στο μουσείο αυτό, που στεγάζεται σε ένα εντυπωσιακό κτίριο συναγωγής που κτίστηκε το 1850, εκτίθενται αψευδή τεκμήρια της μεταχείρισης που υπέστη ο εβραϊκός πληθυσμός της Ρουμανίας.