Η βασιλική ανεγέρθηκε στο διάστημα 1087 - 1197. Εκεί φυλάσσονταν ανέκαθεν τα λείψανα του Αγίου Νικολάου (San Nicola ή Santa Klaus). Είναι και καθολική και ορθόδοξη εκκλησία και αυτός είναι ένας λόγος που δέχεται πολλούς πιστούς προσκυνητές από όλον τον κόσμο στη γιορτή του αγίου.

Το παλάτι και το φρούριο κυριαρχούν στην Παλιά Πόλη. Καταστράφηκε το 1856 και ξαναχτίστηκε το 1939. Τα δάπεδα καλύπτονται από αρχαία ψηφιδωτά και υπάρχει μια ενδιαφέρουσα συλλογή δυτικοευρωπαϊκών επίπλων του 16ου και του 17ου αιώνα.

Ο Άγιος Νικόλαος είναι μία από τις γραφικότερες πόλεις της ανατολικής Κρήτης και πρωτεύουσα του νομού Λασιθίου. Απολαμβάνει στρατηγική θέση στον κόλπο του Μεραμπέλλου και το καλοκαίρι μετατρέπεται σε κοσμοπολίτικο τουριστικό θέρετρο. Ο Άγιος Νικόλαος άρχισε να αναπτύσσεται τουριστικά ήδη από τη δεκαετία του ’60 και έτσι σήμερα είναι ένα κοσμοπολίτικο τουριστικό θέρετρο που προσελκύει κάθε χρόνο χιλιάδες επισκέπτες. Χαρακτηριστικό γνώρισμα του «Αγίου» όπως αποκαλούν οι ντόπιοι την πόλη, είναι η λίμνη Βουλισμένη όπου σύμφωνα με τους αρχαίους μύθους λουζόταν η Άρτεμη και η Αθηνά, αλλά και τα πανέμορφα νεοκλασικά κτίρια που αναπτύσσονται περιμετρικά του μικρού λιμανιού αλλά και στα ανηφορικά δρομάκια της πόλης. Η πόλη ζει κυρίως από τον τουρισμό, αλλά παρά την τουριστική της ανάπτυξη δεν έχει χάσει τον γραφικό της χαρακτήρα. Κάθε καλοκαίρι το λιμανάκι και η λίμνη, γεμάτα με εστιατόρια, καφέ και εμπορικά καταστήματα, γίνονται αγαπημένο σουλάτσο ντόπιων και επισκεπτών. Στα ανατολικά της λίμνης, βρίσκεται και ένα άλλο δημοφιλές σημείο του Αγίου Νικολάου, η παραλία Κιτροπλατεία, για βουτιές «εντός» πόλης, κατά μήκος της οποίας υπάρχουν πολλά καλά ουζερί και καφέ με θέα τη θάλασσα.